Après des études à Cambridge, il travaille pour Granada TV, puis s'oriente vers le cinéma. Triple Écho (id., 1973) avec Glenda Jackson et Oliver Reed, sur un scénario de R. Chapman, était prometteur. Depuis, Apted a signé de nombreux films, réalisés en Grande-Bretagne ou aux États-Unis : Stardust (1974), le Piège infernal (The Squeeze, 1977), Agatha (1979), Nashville Lady (Coal Miner's Daughter, 1980), biographie romancée de Loretta Lynn, vedette de la country music, qui valut à Sissy Spacek un Oscar d'interprétation, Gorky Park (1983), P'tang, Bang, Kipperbang (1984), ou Class Action (1990). Le succès de Gorilles dans la brume (Gorillas in the Mist, 1988), production honorable et bien ficelée qui rend justice à Sigourney Weaver, fait de lui un spécialiste des « véhicules » pour stars : ainsi, Nell (id., 1994), produit par Jodie Foster, où l'actrice joue avec conviction le rôle d'une sauvageonne. En fait, Apted n'a pas abdiqué toute ambition. On le voit quand, en 1992, il réalise deux films complémentaires sur un même sujet, la condition des Indiens dans l'Amérique moderne : Incident à Oglala(Incident at Oglala), produit par Robert Redford, est un documentaire où Apted retrouve les qualités qui le caractérisaient à ses débuts ; Cur de Tonnerre(Thunderheart) reprend ce que le réalisateur a appris dans le film précédent pour le réutiliser à chaud dans un thriller original. On peut regretter que dans Blink (id., 1993), bon film policier, Apted se contente à nouveau de ne jouer que sur son savoir-faire. Ainsi dans Mesures d'urgence (Extreme Measures, 1996) ou dans Le monde ne suffit pas (The World Is Not Enough, 1999), somptueuse aventure de James Bond qu'Apted emballe avec compétence et une certaine élégance.
Il meurt le 7 janvier 2021.