Né dans le quartier juif de Brooklyn, il voit Entr'acte à 17 ans et se met à écrire des scénarios. En 1957, il filme Jack Smith en danseuse espagnole dans Saturday Afternoon Blood Sacrifice : TV Plug : Little Cobra Dance. Dans Little Stabs at Happiness (1959-1963) et surtout dans Blonde Cobra (id.) triomphent un esprit « baudelairien » (Mekas) et un climat bouffonnant qu'on ne retrouvera que chez Carmelo Bene. Jacobs tourne The Winter Footage (1964) ou The Sky Socialist (1965) en 8 mm et fonde en 1966 le cinéma-atelier Millennium. Avec Soft Rain (1968) et surtout Tom, Tom, the Piper's Son (1969), il donne sa marque au renouveau esthétique (dit « structurel ») du cinéma expérimental des années 70 : refilmage d'un film de 1905, ces deux heures de variations cinématographiques sur un thème sont un exemple d'analyse du cinéma par lui-même. Depuis 1965, année où il crée le New York Apparition Theatre, il fait aussi beaucoup de cinéma « élargi », utilisant surtout l'ombre chinoise et les effets de relief : A Good Night for the Movies (1975), The Doctor's Dream (1978). Depuis 1975, il explore les possibilités de ce qu'il a nommé « Nervous System Performance », travail sur les images induites par le ralenti de projection : cycle The Impossible (1979-1980), Bi-Temporal Vision : the Sea (1994), The Marriage of Heaven and Hell (1995), From Muybridge to Brooklyn Bridge (1996). Toujours sur des images de films des premiers temps, d'autres effets plastiques sont utilisés : cache (Keaton's Cops, 1991), dédoublement et inversion (The Georgetown Loop et Disorient Express, 1995).
